Moč pacientů byla normální a infekce nebyla primární příčinou fibrózy stěny močového měchýře. Někteří vědci se domnívají, že příčinou je lymfatická obstrukce způsobená operací pánve nebo infekcí, ale mnoho pacientů takovou historii nemá. Jiní vědci navrhli, že je to způsobeno tromboflebitidou doprovázenou akutní infekcí močového měchýře nebo pánevních orgánů nebo v důsledku dlouhodobých-křečí malých tepen způsobených duševním stresem a může také souviset s endokrinními faktory. Rozsáhlé důkazy naznačují, že intersticiální cystitida je autoimunitní kolagenové onemocnění. Úloha žírných buněk a povrchových aminokyselinových glykosidů močového měchýře při intersticiální cystitidě přitáhla pozornost a někteří výzkumníci v současné době provádějí studie v této oblasti.
Pacienti často pociťují-dlouhodobě progresivní frekvenci močení, urgenci a nykturii. Bolest v suprapubické oblasti je výrazná při plném močovém měchýři, někdy se může objevit i bolest močové trubice a perinea, která se po vymočení zmírní. Občas se může objevit hematurie, která je výraznější, když je močový měchýř přeplněný a roztažený. Někteří pacienti mohou mít v anamnéze alergická onemocnění.
